Vous êtes intérimaire et votre médecin vient de vous prescrire un arrêt de travail. Plusieurs questions se bousculent : ai-je droit à des indemnités ? Qui me paie pendant mon arrêt ? Quelles démarches dois-je effectuer, et dans quels délais ?
En tant que salarié intérimaire, vous bénéficiez des mêmes droits qu’un employé en CDI ou CDD, y compris en matière d’arrêt maladie. Votre contrat de mission est simplement suspendu pendant la durée de votre arrêt, sans être rompu. Votre agence d’intérim reste votre employeur et c’est elle qui coordonne vos indemnités avec la Sécurité sociale et le régime de prévoyance.
Dans cet article, nous vous expliquons pas à pas tout ce que vous devez savoir : conditions d’indemnisation, calcul des indemnités journalières, démarches administratives, et les cas particuliers (fin de mission, Pôle emploi, accident du travail).
Quelles sont les conditions pour être indemnisé ?
Pour percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale, vous devez remplir certaines conditions. Elles diffèrent selon la durée de votre arrêt de travail.
🟢 Arrêt de moins de 6 mois
Vous devez remplir l’une des deux conditions suivantes au moment de votre arrêt :
→ Condition A : avoir effectué au moins 150 heures de travail au cours des 3 mois civils (ou 90 jours) précédant votre arrêt maladie.
→ Condition B : avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire pendant les 6 mois précédant l’arrêt.
💡 Bon à savoir : si vous avez travaillé pour plusieurs agences d’intérim, toutes vos heures sont cumulées. Conservez précieusement tous vos bulletins de paie pour justifier vos droits.
🔴 Arrêt de plus de 6 mois
Des conditions supplémentaires s’appliquent pour continuer à être indemnisé au-delà de 6 mois :
→ Être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois à la date du début de l’arrêt.
→ ET remplir l’une de ces deux conditions sur les 12 mois (ou 365 jours) précédant l’arrêt :
- Avoir travaillé au moins 600 heures.
- Avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 2 030 fois le SMIC horaire.
Le service médical de l’Assurance Maladie doit également donner son accord pour la poursuite du versement des indemnités au-delà de 6 mois, en fonction de votre état de santé.
🔵 Condition spécifique à la prévoyance intérimaire
Pour bénéficier des indemnités complémentaires versées par le régime Intérimaires Prévoyance, vous devez justifier d’au moins 414 heures de mission toutes agences confondues sur les 12 derniers mois précédant votre arrêt.
Contrat d’intérim et arrêt maladie : les démarches à prévoir
Un contrat d’intérim est un contrat conclu entre une personne sans emploi et une entreprise de travail temporaire. Celle-ci met ensuite le salarié à disposition d’une autre entreprise pour une durée limitée, souvent pour pallier un surcroît d’activité ou l’absence de personnel. Durant sa mission, l’intérimaire bénéficie des mêmes droits que les autres salariés de l’entreprise. Il peut donc prétendre à une couverture sociale en cas de maladie.
Intérim et arrêt maladie : mes droits

En tant que salarié intérimaire, les conditions d’indemnisation par la sécurité sociale sont légèrement différentes de celles des salariés en CDD ou CDI. Elles dépendent de la durée de l’arrêt (inférieur ou supérieur à six mois) et du nombre d’heures effectuées.
Si votre arrêt maladie ne dépasse pas six mois, vous devrez justifier d’au moins 600 heures de travail ou avoir cotisé sur un salaire d’au moins 2030 fois le SMIC horaire durant les douze derniers mois précédant l’arrêt. Si votre arrêt est plus long, il vous sera demandé 12 mois d’immatriculation en tant qu’assuré social.
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Concernant le contrat de prévoyance complémentaire obligatoire souscrit par les entreprises de travail temporaire, il faut au moins avoir travaillé 414 heures durant les 12 derniers mois pour n’importe quelle agence, pour obtenir une indemnisation.
Plus d’infomations sur le site d’amelie : https://www.ameli.fr/moselle/assure/remboursements/indemnites-journalieres/arret-maladie-salarie
Mission d’intérim et arrêt maladie : le calcul des indemnités
Lorsqu’un intérimaire tombe malade durant une mission, son salaire est suspendu et c’est la sécurité sociale qui verse des indemnités journalières (après un délai de carence de trois jours), souvent complétées par les indemnités du régime de prévoyance.
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Le montant versé correspond à 50 % du salaire journalier de base calculé sur la moyenne des salaires des douze derniers mois. Quant au montant des indemnités complémentaires, pendant un mois, il sera égal à 50 % du salaire de base de la dernière mission et passera ensuite à 25 %.

Comment déclarer son arrêt maladie en intérim ?
Votre médecin vous remet un certificat médical Cerfa n°50069 composé de 3 volets :
Volets 1 et 2 : destinés à votre caisse d’Assurance Maladie (CPAM).
Volet 3 : destiné à votre employeur, c’est-à-dire votre agence d’intérim.
Transmettez le volet 3 à votre agence dans les 48 heures suivant la délivrance de l’arrêt. Certaines agences imposent un délai plus strict de 24 heures — vérifiez votre contrat de mission. Gardez une preuve d’envoi (email avec accusé de réception, recommandé), car le respect de ce délai conditionne votre prise en charge par le régime de prévoyance.
Étape 3 — Transmettre les volets 1 et 2 à l’Assurance Maladie
Si votre médecin pratique la télétransmission (envoi électronique avec votre carte Vitale), les volets 1 et 2 sont automatiquement transmis à votre CPAM — c’est le cas le plus fréquent. Sinon, vous devez les envoyer par courrier postal dans les 48 heures. Les photocopies et scans ne sont pas acceptés en l’absence de télétransmission.
Étape 4 — Joindre vos fiches de paie
En tant qu’intérimaire, vous devez également adresser à votre CPAM la copie de vos bulletins de salaire des 12 derniers mois. Ces documents permettent de calculer le montant exact de vos indemnités journalières.
Cas particulier : vous êtes entre deux missions
Si votre arrêt maladie débute dans le mois suivant la fin de votre dernière mission et que sa durée dépasse 10 jours, vous conservez vos droits. Vous devez alors :
- Déclarer vous-même votre arrêt directement auprès d’Intérimaires Prévoyance via leur formulaire spécifique « hors mission ».
- Informer France Travail dans les 48 heures pour éviter la suspension de vos allocations chômage.
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Quel est le montant des indemnités journalières ?
Vos revenus pendant l’arrêt maladie proviennent de deux sources : la Sécurité sociale (indemnités journalières de base) et le régime de prévoyance (indemnités complémentaires).
🔹 Indemnités de la Sécurité sociale (IJSS)
Le montant est égal à 50 % de votre salaire journalier de base, calculé sur la moyenne de vos salaires bruts des 3 ou 12 derniers mois selon votre situation.
Exemple concret : vous avez perçu 15 000 € de salaires bruts sur les 12 derniers mois.
→ Salaire journalier de base : 15 000 ÷ 365 = 41,10 €
→ Indemnité journalière : 41,10 × 50 % = 20,55 € par jour
Le montant maximum est plafonné à 1,8 SMIC, soit environ 53,31 € par jour en 2026.
⚠️ Délai de carence : les 3 premiers jours d’arrêt ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale. Vos indemnités débutent au 4ᵉ jour et sont versées tous les 14 jours directement sur votre compte bancaire.
🔹 Indemnités complémentaires (Intérimaires Prévoyance)
Elles viennent compléter les IJSS pour maintenir votre niveau de vie :
| Période | Taux (tranche T1) | Taux (tranche T2) |
|---|---|---|
| 30 premiers jours d’arrêt | 50 % du salaire de base | 100 % du salaire de base |
| À partir du 31ᵉ jour | 30 % du salaire de base | 75 % du salaire de base |
Le salaire de base comprend votre rémunération horaire, les primes contractuelles et l’indemnité de fin de mission (IFM) ramenées à l’heure.
🔹 Durée maximale d’indemnisation
→ Arrêt maladie classique : 6 mois maximum sur une période de 3 ans.
→ Affection de longue durée (ALD) : 3 ans maximum pour la même pathologie.
→ Accident du travail / maladie professionnelle : pas de durée maximale, jusqu’à guérison ou consolidation.
Cas particuliers : fin de mission, Pôle emploi, accident du travail
Fin de mission et portabilité
Votre protection ne s’arrête pas avec votre contrat. Si votre arrêt débute dans le mois suivant la fin de votre dernière mission, vous conservez vos droits à indemnisation, à condition d’être inscrit à France Travail et que l’arrêt dépasse 10 jours.
Arrêt maladie et France Travail (Pôle emploi)
Si vous percevez l’Allocation de Retour à l’Emploi (ARE) au moment de votre arrêt :
- Le versement de l’ARE s’interrompt dès le premier jour d’arrêt, remplacé par les IJSS.
- Transmettez le volet 3 à France Travail dans les 72 heures.
- À la fin de votre arrêt, vous avez 5 jours calendaires pour vous réinscrire et relancer vos allocations, sans perte de droits.

Accident du travail et maladie professionnelle
En cas d’accident du travail ou de trajet, ou de maladie professionnelle, vous bénéficiez d’une protection renforcée :
- Indemnisation sans condition d’heures préalables.
- Pas de délai de carence (indemnisation dès le 1ᵉʳ jour).
- Pas de durée maximale d’indemnisation.
- Protection contre la rupture de votre contrat de mission.
Visite médicale de reprise obligatoire
Après un arrêt de plus de 60 jours (maladie non professionnelle), de plus de 30 jours (accident du travail), ou toute maladie professionnelle, vous devez passer une visite médicale de reprise auprès du médecin du travail. Votre agence d’intérim doit l’organiser dans les 8 jours suivant la fin de votre arrêt. Tant que cette visite n’a pas eu lieu, votre contrat reste suspendu.
Tableau récapitulatif des démarches
| Quand | Action | Destinataire | Délai |
|---|---|---|---|
| Jour J | Prévenir votre agence par téléphone | Agence d’intérim | Immédiatement |
| J à J+2 | Envoyer le volet 3 du certificat médical | Agence d’intérim | 48 heures |
| J à J+2 | Envoyer les volets 1 et 2 (si pas de télétransmission) | CPAM | 48 heures |
| J à J+2 | Envoyer la copie de vos 12 derniers bulletins de salaire | CPAM | Avec volets 1 et 2 |
| J à J+3 | Informer France Travail (si demandeur d’emploi) | France Travail | 72 heures |
| J à J+30 | Déclarer votre arrêt via formulaire « hors mission » (si entre 2 contrats) | Intérimaires Prévoyance | Dès que possible |
| Fin d’arrêt | Passer la visite médicale de reprise (si arrêt > 60 jours) | Médecine du travail | Dans les 8 jours |
| Fin d’arrêt | Se réinscrire à France Travail (si demandeur d’emploi) | France Travail | 5 jours calendaires |
L’agence d’intérim, un partenaire à vos côtés
Votre agence, spécialiste de l’intérim à Nantes, vous accompagne dans toutes les étapes de votre mission et vous aide à résoudre les problèmes que vous pourriez rencontrer. N’hésitez pas à lui demander conseil. Chaque salarié d’une agence d’intérim est couvert dès la première heure de travail pour les accidents du travail, de trajet, les maladies professionnelles, l’invalidité et le décès. L’indemnisation complémentaire, dans ces cas précis, est due sans délai de carence.

Comptable et chef d’entreprise pendant plus de 30 ans, je propose désormais ma plume et mon expertise sur des sujets précis comme l’emploi, la comptabilité ou plus généralement l’entreprise.